המכונה ספר הסודות והוא המשך ספר "שרשי השמות". יו"ל לראשונה מכת"י ,
יוצא לאור על פי כתב יד ודפוסים ראשונים עם הערות והארות בעריכת רב יוסף...
בו ג' ספרים: תולדות יצחק - חידושי תנ"ך ואגדות הש"ס. תולדות יעקב - חידושי גפ"ת ראשונים ואחרונים. פני המלך - חידושים על הרמב"ם.
אליהו זוטא - חידושים וביאורים קצרים על פסוקי התורה, עם דרושים. ליקוטי אליהו - לקט חידושים וביאורים על הנ"ך ואגדות התלמוד ומעט חידושים על הרמב"ם, ובסופו ליקוט של חידושים בנושאים שונים